Hacia 1619, según informa al rey el arzobispo Bartolomé Lobo Guerrero, las cofradías de negros en Lima eran las de Nuestra Señora de los Reyes en San Francisco, de Nuestra Señora del Rosario en Santo Domingo, de Nuestra Señora de Guadalupe en San Agustín, de El Salvador en San Pablo, de Nuestra Señora de Agua Santa y de Nuestra Señora de Loreto en La Merced. Por su parte, los mulatos se agruparon en las cofradías de Nuestra Señora del Rosario de Santo Domingo, de San Juan Bautista en Santa Ana y en la de San Juan de Buenaventura en San Francisco. Además, existían seis cofradías mixtas: San Antón y Nuestra Señora de los Remedios en San Marcelo; Nuestra Señora de la Antigua en la Catedral, Nuestra Señora de la Victoria en San Sebastián, Santa Justa y Santa Rufina en la Merced y San Bartolomé en Santa Ana.
Las cofradías se convirtieron en un medio privilegiado para la evangelización y la ayuda mutua; se convirtió, además, en un recurso frente al abandono de parte de los dueños y a la soledad de la esclavitud. Su creciente desarrollo les llevó a crear "corrales" donde se reunían para sus danzas y ceremonias, en las que "expresaban el rechazo de la sociedad esclavista y la búsqueda de un marco propio, lugar de olvido de la servidumbre, de liberación de los impulsos reprimidos, pero también de estructuración de una nueva personalidad".
En todo caso, si a algunos indígenas o grupos de negros que todavía guardaban alguna reminiscencia de las antiguas creencias y prácticas (no debe olvidarse que había pasado ya más de un siglo de la destrucción del centro cultual de Pachacámac) podía caerles bien la evocación del antiguo culto que suscitaba en ellos el nuevo culto al Cristo de Pachacamilla, no demuestra sino la bondad insuperable de la fe cristiana, que sabe interpretar y asumir las más profundas inquietudes y aspiraciones del corazón humano (el sentido de la propia fragilidad y el propio límite, la intuición de la existencia de un ser superior y trascendente, la aspiración a superar la barrera de la muerte, la creencia en un vida en el más allá, etc.) esa "semina Verbi" ("semillas del Verbo") que se encuentran en toda etnia, a la espera del encuentro con la revelación plena de Aquel que San Pablo define como al "Primogénito de toda la creación". El Padre Manuel M. Marzal observó muy oportunamente que "no debe confundirse la persistencia funcional (el Señor de los Milagros protege de los movimientos sísmicos como antes lo hizo Pachacámac) con la identidad personal, pues ningún devoto del Cristo Morado hace la menor referencia a Pachacámac
Los llamados "negros angolas", por el año de 1650, decidieron agremiarse y constituir "la cofradía en la zona de Pachacamilla", lugar que había sido habitado por los indios de Pachacamac y en la que se ubica, hasta la actualidad, el monasterio de las Nazarenas así como el local de la Hermandad del Señor de los Milagros. Levantaron una tosca ramada para sus reuniones. Por aquella fecha, los afroperuanos representaban en número el 50% de la población, aunque, social y culturalmente estaban marginados, cuando no excluidos, reduciendo sus expresiones culturales a lo mínimo: el canto, la danza, la oración. Para presidir sus encuentros mandaron pintar una imagen del Cristo Crucificado sobre una de las paredes de adobe. Alguien con alma de artista (¿un esclavo negro?, ¿u, devote doctrinero?) plasmó en la pared esa sagrada imagen. Poco después se contrató a un "primoroso pintor", José de la Parra, para que la mejorase.
Venerada tan sólo por los concurrentes a las reuniones del barrio, permaneció expuesta a la intemperie de soles y garúas. El 13 de noviembre de 1655 un violento terremoto sacudió los cimientos de la ciudad, y muchos de los edificios se vinieron abajo, incluyendo las casas vecinas del muro donde se veneraba el Cristo: tan sólo la pared pintada con la imagen del Crucificado permaneció en pie. Un testigo presencial de los hechos nos lo refiere del siguiente modo en la "Relación del Terremoto que arruinó a Lima en 13 de noviembre de 1655":
Las paredes más robustas se mecían y doblegaban como si fuesen débiles juncos al soplo de los vientos; las cruces más firmes en las peanas al repetido vaivén desmintieron de la fijeza de sus lugares; las campanas y esquilones se doblaban en desordenado clamor; la tierra, en parte rajada, se abría en grietas y terribles bocas Tuvo, al parecer, este terremoto su origen y nacimiento del presidio del Callao, por la parte que mira al poniente, porque de su espaciosa isla fue mayor el combate y se reparó que, cayendo de lo alto desmedidos peñascos, se deshacían con estruendo al precipitarse en el mar. Arruinóse del todo la Iglesia de nuestro Colegio del Callao, hermoso y recién acabado templo de cal y canto, pereciendo únicamente en las ruinas un hermano donado que hacía a la sazón la señal de la plegaria.
En Lima combatió de suerte la iglesia del glorioso San Francisco que dentro de breves días se vino toda al suelo, entre las doce y la una del día, sin oprimir a persona alguna; muchos edificios de la ciudad padecieron igual ruina y los más flaquearon de suerte que fue menester el prevenirles reparo. La ciudad, al fin, padeció irreparables daños y, como dieron en repetirse por muchos días los vaivenes y estremecimientos de la tierra, sin pasarse sin sobresaltos muchas horas, asustados y con razón temerosos los vecinos huyeron de vivir a sombra de tejado ni en el resguardo y seguridad de sus casas. Muchos se retiraron a sus huertas y quintas; no pocos pasaban en sus patios las noches; los más así en la plaza mayor como en las plazoletas de la ciudad armaron sus pabellones y tiendas de campaña, repartidas las familias en varios alojamientos; algunos escogieron por más seguro lugar los burgos y arrabales por donde tiene la ciudad sus salidas al campo".
El jesuita Padre Francisco del Castillo salió del Colegio de San Pablo exhortando a todos al arrepentimiento La misma tarde del temblor prestó auxilio a los necesitados y, al pasar por la Catedral, la gente comenzó a seguirle. Así, al día siguiente, 14 de noviembre del 1655, como continuaban los temblores, se condujo en procesión la imagen de Cristo crucificado de la Capilla de Nuestra Señora de los Desamparados desde allí hasta la Catedral, acompañada por más de 10 mil personas. Las noticias de hechos milagrosos atribuidos a la imagen atrajo el interés del público que empezó a hablar de ella como de 'El Señor de los Milagros'.
En las primeras procesiones no hubo Cuadrillas, cargaban Las Andas los feligreses vecinos predominando entre ellos los devotos de color de la zona de Pachacamilla y en algunos tramos los Cabildantes al iniciar el recorrido y retornar al Santuario. La salida del Señor de los Milagros estaba a cargo del Mayordomo o Síndico del Monasterio, en coordinación con las religiosas y el Capellán.
El 28 de Octubre de 1746 se produjo un destructor terremoto y maremoto que afectó Lima y Callao, pereciendo miles de personas a causa de los desplomes de torres de Iglesias ,paredes, balcones o bajo los escombros de sus casas, este sismo afectó la Iglesia y Monasterio de Nazarenas, solo el Mural del Cristo de los Milagros permaneció intacto. Hacia el año 1760 se comienzan a organizar los devotos cotizantes , toda vez que la procesión la costeaba el Mayordomo o Síndico del Monasterio y las limosnas recaudadas en esos días se aplicaban para dicho fin
Por Bula Pontifical del 5 de abril de 1766, S.S. Clemente XIII concedió al Monasterio la facultad de establecer una Cofradía en honor del Santo Cristo de los Milagros, que después de infinidad de trámites hasta el 15 de febrero de 1814 no se llegó a formar.
La obra de reconstrucción por ser tan grande recién se inicia a comienzos del año 1766 . El Virrey Manuel Amat y Juniet comprobó los cuantiosos daños de la Iglesia de Las Nazarenas y los no tan graves del Monasterio, determinando la construcción de una nueva Iglesia a fin de honrar a la bendita imagen del Señor de los Milagros, para ello se puso de acuerdo con la Madre Priora Grimanesa Josefa de Santo Toribio y con la Benefactora Doña María Fernández de Córdova y Sande programándose una Procesión Extraordinaria con la finalidad de solicitar auxilio económico de todo el pueblo de Lima para construir la nueva Iglesia de Las Nazarenas.
Pontificaba la Iglesia el Papa SS Clemente XIII y pastoreaba la arquidiócesis de Lima Monseñor Diego Antonio de Parada, como Madre Priora de las Carmelitas figuraba Sor Grimanesa Josefa de Santo Toribio, el Síndico del Monasterio era el Capitán Juan de la Roca, como Virrey del Perú se encontraba Don Manuel Amat y Juniet. Por aquel entonces, los más organizados de los cotizantes que acompañaban las procesiones con sus hábitos morados, contando con el apoyo del Virrey y la anuencia del Monasterio, del Síndico y del Capellán, formaron las Primeras Cuadrillas y en la tarde del día sábado 3 de Mayo de 1766 día en que se festeja la fiesta de la Exaltación de la Cruz, salieron portando a hombros las Andas del Señor de los Milagros. El material de las Andas era de madera, el número de los cargadores era de ocho e iban vestidos con pantalones blancos, anchas fajas en la cintura, sacos oscuros, alpargatas y parece que las capas –según R. Banchero- tenían mayor amplitud y vuelo que las actuals.
La Procesión con las primeras cuatro cuadrillas llegó hasta la Iglesia de los Desamparados. Al día siguiente, domingo 4 las Andas se colocaron en la puerta del templo y en la Plazuela de Desamparados se instalaron mesas petitorias. Lima respondió con generosidad, pues ofrendaron sus óbolos personas de toda edad, clase social, sexo y condición económica, reuniendo ese mismo día en monedas de oro y plata y en materiales para las obras una cantidad superior a los 10,500 pesos. El lunes 5 en horas de la tarde, las Andas regresaron procesionalmente a la Iglesia de las Nazarenas donde fueron recibidos con extraordinario júbilo por las religiosas, R. M. Priora Grimanesa Josefa de Santo Toribio, la Benefactora, el Capellán y el Síndico Juan de la Roca, siendo Arzobispo Diego Antonio Parada.
Los trabajos se iniciaron de inmediato, demoliendo la Iglesia reedificada por Sebastián de Antuñano, para levantar cinco años más tarde el nuevo Templo del Señor de los Milagros 21 de enero de 1771.
A la fecha, la primera cuadrilla conserva el alto honor de sacar siempre al Señor en cada procesión.
El actual estatuto de la Hermandad fue aprobado por el Arzobispado de Lima el 11 de mayo de 2005, y fue modificado el 26 de noviembre del 2009 - es el documento fundamental de la institución, porque en él se fija los fines y objetivos de la hermandad, marcándose los lineamientos generales de nuestra organización. Cuenta además con un Reglamento de 496 artículos aprobado el 28 de junio del 2010. En los mismos documentos, la Hermandad se define como asociación religiosa sin fines de lucro, apolítica, al cuidado del Arzobispado de Lima
Este 3 de mayo del 2016, después de 250 años, se han congregado en la Catedral de Lima para agradecer, celebrar y comprometerse nuevamente con el Señor en la Santa Misa, presidida por el Cardenal Juan Luis Cipriani, arzobispo de Lima. En su emotiva homilía alentó a los cofrades y hermanos a contemplar "como con un espejo viendo nuestras vidas, nuestras familias, nuestra hermandad, nuestras cuadrillas, nuestros hijos. Mirando todo eso, como un espejo delante del Señor de los Milagros", instándoles a que renueven su promesa con el Señor y que sigan manteniendo fuerte esta fe popular.
José Antonio Benito
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